À l'occasion de son premier vol en 1925, Messerschmitt s'écrase avec son M17 et séjourne quelque temps à l'hôpital. En mars 1926, Messerschmitt fonde la société Flugzeugbau Messerschmitt GmbH à Bamberg en partie financée par le gouvernement bavarois. Messerschmitt travaille alors sur le M18, un avion commercial entièrement en métal.  

En juillet 1926, le Ministère des Transports Allemand et l'état de Bavière créent les Bayerischen FlugzeugWerke (BFW) pour reprendre l'activité des « Constructions aéronautiques Udet » (Ernst Udet). En fin 1927, le ministère des transports n'autorise pas la Bavière à subventionner deux constructeurs d'avions; Messerschmitt est convaincu de fusionner son entreprise au sein de la BFW. Il intègre alors la firme, située à Augsbourg, comme concepteur principal (chef du bureau d'études).  

La Lufthansa achète 10 appareils de type M20 mais deux d'entre eux s'écrasent et la compagnie annule l'achat d'exemplaires supplémentaires. Les autres acheteurs sont sceptiques face aux nombreux problèmes rencontrés avec les avions de type M.  

La BFW enregistre des pertes et fait faillite en 1931. Messerschmitt continue à travailler indépendamment. En 1933, la BFW est fondée à nouveau et Messerschmitt conçoit fin 1933 un avion de liaison très performant, le M-37, renommé en 1934 Bf 108.  

Messerschmitt travaille aussi dès le début du conflit sur un avion à réaction, le Me 262. Le programme fut retardé par la lenteur de la mise au point des moteurs. L'avion vole avec un moteur à piston dès avril 1941 mais il faut attendre juillet 1942 pour le voir voler avec des réacteurs. La première unité expérimentale n'est formée que le 30 juin 1944 et la première unité opérationnelle en septembre. Ces retards empêchent l'avion à réaction de Messerschmitt d'avoir une importance décisive sur la suite du conflit.  

L'ingénieur conçoit en parallèle un autre avion pour remplacer le Stuka : le Me 210 basé sur le Me 110 de 1934. Mais cet avion est un échec complet : les prototypes sont défectueux et s'écrasent souvent. Cet épisode nuit à la réputation de Messerschmitt jusqu'à la fin de la guerre puisqu'il est incapable de proposer un avion capable de contrer le De Havilland Mosquito des Britanniques.  

Messerschmit est aussi à l'origine d'un énorme avion de transport, le Me 321 qui pouvait transporter plus de 130 hommes. La guerre est très prolifique en matière d'idées comme le projet du Me 264, un bombardier prévu pour bombarder les États-Unis ; la défaite allemande l'empêche toutefois de voir le jour. Un autre avion atypique, le Me 163 Komet est un intercepteur ultra rapide à moteur fusée conçu avec Lippisch.  

Film dramatique sur le célèbre inventeur Allemand. Mettant en vedette Franco Denton, Abella Edelman, Karl Sansel et Virginia Miller. Le tout réalisé par James Laurent.