Jim Hawkins est un jeune homme qui rêve d'aventure depuis tout petit. Un jour, un reptile humanoïde gravement blessé atterrit près de l'auberge de sa mère et lui remet un drôle d'objet en forme de sphère avant de mourir. Il est bientôt suivi par une horde de pirates et Jim, sa mère et le docteur Doppler, un client de l'auberge et ami de la famille, sont obligés de s'enfuir. L'auberge est détruite. Jim découvre alors que la sphère est en fait la carte du « Butin de mille univers » du plus célèbre pirate de tous les temps, le Capitaine Nathaniel Flint. Le docteur Doppler décide de monter une expédition pour retrouver cette planète. Arrive le jour du départ. Jim monte en tant que mousse sur le RLS Héritage du Capitaine Amélia; il doit assister le cuisinier, John Silver, un cyborg. Une relation paternelle va se créer entre ces deux personnages, Jim Hawkins comblant le manque affectif causé par l’abandon de son père. Mais Jim va bientôt s'apercevoir que celui-ci est à la tête d'une mutinerie pour récupérer le trésor.