Le film se déroule durant l'an 1191 pendant la Troisième Croisade.  

Altaïr Ibn-La'Ahad, un membre de la Confrérie des Assassins et son objectif est d'assassiner neuf personnages capitaux de l'histoire de la Troisième Croisade. Cependant, au fur et à mesure de l'assassinat de ses cibles, Altaïr découvre une conspiration les reliant.  

Altair est désormais l'homme le plus recherché de tout le bassin oriental. Enclenché dans une guerre civile au sein de son clan, il devra trouver le respect et l'appui de ses pairs pour que puisse naitre une nouvelle doctrine au sein de leur ordre.