Le film se déroule durant l'an 1191 pendant la Troisième Croisade.  

Altaïr Ibn-La'Ahad, un membre de la Confrérie des Assassins et son objectif est d'assassiner neuf personnages capitaux de l'histoire de la Troisième Croisade. Cependant, au fur et à mesure de l'assassinat de ses cibles, Altaïr découvre une conspiration les reliant.  

Il devra comprendre et affronter cette conspiration...