Dans le monde miniature, ignoré des mammifères et des humains, où les insectes et les petites créatures vivent selon les lois de la nature, un ver vert du nom de Virgile vit paisiblement dans un jardin luxuriant. Sa vie monotone et tranquille dans le sol prend un tournant inattendu le jour où une jeune fille nommée Léa décide de créer un terrarium pour son projet scolaire.  

Léa, passionnée par la nature, collecte des éléments du jardin pour construire celui-ci. Elle découvre le ver vert Virgile en train de se faufiler parmi les racines des plantes. Fascinée par sa couleur, elle décide de l'inclure illico presto dans son terrarium en verre.  

Mais alors que Virgile explore son nouvel environnement, un incident survient : lors du transfert à l'école, le terrarium se casse sur le parking de l'école. Le verre est brisé. Virgile est renversé et projeté de nouveau dans un monde inconnu au-delà du jardin. Désormais séparé de Léa, qu'il avait appris à regarder à travers la vitre, il se retrouve confronté à un monde rempli de dangers pour un ver fragile comme lui, sur un sol artificiel.  

Déterminé à retrouver son chemin vers chez lui et à retrouver Léa, Virgile se lie d'amitié avec une variété d'insectes excentriques (un gendarme, une coccinelle et une fourmi) qui l'aident dans sa quête. Ensemble, ils traversent des déserts de sable, des marécages boueux et affrontent des prédateurs redoutables (pie, grenouille ...).  

Pendant ce temps, Léa, inquiète de la disparition soudaine de Virgile, part également à sa recherche dès la fin de l'école, découvrant tout un tas d'insectes qu'elle ignorait.  

Alors que Virgile et ses nouveaux amis affrontent obstacles et ennemis, ils arrivent, avec détermination et ingéniosité, à revenir au jardin, où Virgile peut retrouver Léa.  

Léa le reprend dans son nouveau terrarium avec tous ses nouveaux copains pour le plus grand bonheur de Virgile, le petit ver vert habitant dans son habitat en verre.