À Gotham City, un couple fortuné, Tucker et Esther Cobblepot (Paul Reubens et Diane Salinger), abandonne leur enfant à la naissance en le jetant dans les égouts à cause de sa difformité. Il est recueilli et élevé par les pingouins du zoo. 33 ans plus tard, Oswald Cobblepot (Danny DeVito) a grandi dans les égouts et refait surface comme un criminel nommé, "Le Pingouin". Il kidnappe un industriel millionnaire, Max Schrek (Christopher Walken). À cause des preuves rassemblées par le pingouin des activités criminelles des affaires de Schrek, ce dernier propose au Pingouin de le sortir des égouts et de le faire entrer dans l'élite de Gotham. Le Pingouin élabore un plan pour faire son entrée dans le monde public en se faisant passer pour un héros. Il fait kidnapper le fils du maire pour ensuite de le "délivrer" lui-même. Malgré la popularité du Pingouin, le millionnaire, Bruce Wayne, alias Batman (Michael Keaton) reste sceptique sur de dernier. Il enquête sur le passé du Pingouin et établit un lien avec un gang de criminels, le Gang du Cirque du Triangle Rouge. Le gang a récemment fait des ravages sur Gotham, entrainant la disparition de plusieurs enfants. Il décide de défendre Gotham contre eux.  

Pendant ce temps, Shreck surprend sa secrétaire Selina Kyle (Michelle Pfeiffer), dans le cadre de sa préparation pour sa rencontre avec Bruce concernant la centrale électrique de Schrek. Tout en regardant innocemment des documents, Selina accède aux fichiers protégés de Shreck et découvre des informations compromettantes, révélant que sa centrale rejette des déchets toxiques. Réalisant que Selina en sait trop, Shreck la pousse d'une fenêtre, la laissant pour morte sur le sol. Selina survit à la chute après avoir été ramené à la vie par des chats de gouttière. Elle retourne à son appartement, puis elle est victime d'une crise de psychose et s'invente un personnage, Catwoman, une cambrioleuse vêtue d'un costume de chatte en vinyle cherchant à se venger de son patron. Shreck élabore alors un plan pour évincer l'actuel maire de Gotham City (Michael Murphy) et faire élire le pingouin à sa place, afin de renforcer son contrôle sur la ville et pour finaliser son projet de centrale électrique. Le Gang du Cirque du Triangle Rouge met Gotham à feux et à sang pour créer un climat d'insécurité mauvais pour la réélection du maire actuel.